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技術文章
更新時間：2022-05-30
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截至目前，葡萄牙、比利時、美國、荷蘭、意大利、西班牙、法國等多國的研究團隊發布猴痘病毒基因測序報告，根據測序報告和進化樹對比，表明猴痘可能已經在歐洲發生了大規模的社區傳播。
各國猴痘基因組測序情況匯總如下圖：
| 報告時間 | 國家 | 測序平臺 | 測序方法 | 平均測序深度 | 結果 |
5月19日 | 葡萄牙 | Oxford Nanopore MinION | NQ法宏基因組測序 | 7倍 | 基因進化樹分析草案顯示，分離出來的病毒與2018年和2019年從尼日利亞傳播到英國、以色列和新加坡的病毒有密切關系 |
5月23日 | 葡萄牙 | Illumina | 高通量NQ法宏基因組測序法 | 201倍(平均) | 這次多國猴痘暴發很可能只有一個源頭，迄今為止公布的所有BD基因序列都緊緊聚集在一個分支上(美國公布的病毒基因組序列(MPXV_USA_2022_MA001)相比較) |
| 5月19日 | 德國 | Illumina | 該菌株分類為西非分支，與最近來自歐洲和美國的菌株相關 | ||
5月20日 | 比利時 | Oxford Nanopore MinION | 非靶向宏基因組 | 18.9倍 | 比利時猴痘病毒基因組（ITM_MPX_1）也屬于猴痘病毒的西非分支，與最近上傳的葡萄牙疫情基因組關系最為密切 |
| 5月20日 | 美國 | Oxford Nanopore MinION | 僅僅公布猴痘患者所攜帶病毒的基因測序結果 | ||
5月26日 | 荷蘭 | Oxford Nanopore MinION | 10倍 | 病毒在進化樹上與此前葡萄牙團隊公布的基因組樣本極為相似，與關系最為密切的一份葡萄牙樣本相比，只出現了2個單核苷酸多樣性位點(SNP s) | |
5月27日 | 意大利 | Illumina | 19倍 | 獲得的基因組屬于MPXV的西非分支，與最近從葡萄牙疫情上傳的基因組關系最為密切，這進一步證明了歐洲的大規模社區傳播 | |
5月27日 | 西班牙 | Illumina | 77倍 | 該病毒基因組同屬猴痘病毒西非進化支，與關系最密切的葡萄牙一支序列相比，單核苷酸多樣性位點(SNPs)小于4個，與德國序列相比，單核苷酸多樣性位點(SNPs)為2個 | |
5月28日 | 法國 | Illumina | 宏基因組下一代測序 | 950倍 | 相較于2018年在英國發現的猴痘病毒基因，這四份病毒基因樣本出現了46個單核苷酸多態性位點((SNPs)和3個缺失 |
上述的測序結果都表明：本輪猴痘疫情爆發極有可能來自一個源頭，都屬于西非分支；同時，猴痘在歐洲已經出現大規模社區傳播。
目前多個國家通過社交應用程序、社交媒體醫療服務機構等多種渠道提醒，大規模社區傳播需引起警覺。
北京百奧創新科技有限公司提供基因測序服務，助力猴痘病毒基因組測序，歡迎咨詢。
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